1898年服阕还京任原职。当时正属维新运动期间，大量奏稿交译署（外务部之别称）核议，吴品珩日夜操劳，目无旁骛。不久兼任路矿局帮办提调，补刑部江西司主事，次年擢江苏司员外郎。1900年，译署奏保其为道员加三品衔。这年夏，庚子事变，慈禧西逃，吴品珩赶赴两宫驻跸之西安。当时，在京之全权大臣与各国公使磋商和议，文电交驰，吴品珩征尘甫卸，即忙于文案。腊月，噩耗传来，其母已于十一月廿二日去世。于是自陕西间关千里回籍奔丧。丧事毕，应旧友湖北荆宜道台濮梓泉之邀，商讨清理官款事宜。因为此前一饶姓官员承办官银号及宜昌、沙市两关的税款，历年亏空挪用40余万。吴品珩劝濮禀告上司，由关道将应得之款分年摊赔，道署则以每年盈余25000两抵充，宿案遂结。两次丁忧期间，先后在金华丽正书院孝廉堂和衢州鹿鸣书院主师席。

 
吴品珩1896年至1900年间的日记

1903年，为母亲守孝期满返京。此时，总理各国事务衙门改组为外务部，吴品珩调补和会司员外郎，充榷算司主稿，仍管英股所隶事。自此由刑部转入外务部。1906年，设立税务处，管理各海关，吴品珩任帮办提调。1907年，升任外务部和会司郎中，充榷算司掌印。

1908年，简放署外务部左参议，加二品衔，任湖北荆宜道道员（尊称“道台”）兼监督荆州钞关、宜昌沙市两洋关（鸦片战争后在通商口岸设立的海关）。此次赴任，距上次应濮梓泉之邀来游恰为七年。下车伊始，裁撤道署杂规三万数千两。荆州之万城堤（即荆江大堤），保障长江沿岸十几个州县的安全， 有“水来打破万城堤，荆沙便是养鱼池” 的民谚。筑堤费用向来动用公帑。知府循例每年从中抽出白银1000两送给荆宜道道台。吴品珩到任，这银子又送来了。吴品珩说：“道台得了这千两银子，长江大堤就少了千两银子的工程款。这是陋规，我不能接受。”就将此款追加于堤防工程。

      吴品珩着手整顿荆州钞关，肃清积弊。钞关是在内河航线上设立的征收船税的机构。荆州钞关由道员委派之人员征收常税，办事以“关书”——一种类似契约的钞关公文为据，而关书的行文具有随意性，为渎职舞弊开方便之门。吴品珩首先从整顿关书入手，严肃税收纪律。接着斥革6名吸食鸦片的工作人员。税收随之日渐增加。钞关的税收，一向以“钱”缴纳，以“银”上交。由于制钱与银的比价官方和民间存在差异，上解时往往只需十之八九。余下的一二成则由税官分肥，主官自然得大头。吴品珩以实际税收上解国库，革除流弊。洋关的税收人员一向将税收所入存入商号，将利息纳入私囊。吴品珩下令将利息全部上缴，杜绝中饱行为。  

沔阳（今湖北仙桃）堤决口，江水倒灌入城，灾情严重。吴品珩急请调拨赈灾款项。在沙市设立留养厂，收容妇孺，给以衣食，到第二年才分遣回籍。

荆州南门外有天主教堂，比利时神甫马修德袒护教民，历任关长道台都怕他三分。马修德听说吴品珩曾长期在外务部任职，怀有敬意。公安县有个陆逊湖，三国时期东吴大将陆逊曾驻军于此，年长日久，逐渐淤没而为陆地。有人将未收缴的地契卖给教堂，教堂租给百姓耕种。而土地的原主人向县令上告，县令遂将教堂持有的地契注销。马修德屡次为此争执，必欲得地，并要求严惩县令。前任道台下令追还地契给教堂，马修德也不答应。此后纷争不断，这里的庄稼此种则彼收，彼种则此收。即使派兵弹压，也无济于事。吴品珩亲自审理此案，划120亩归教堂，竖立界石。此后因淤塞而增加的土地，与教堂无关。另划出120亩给原主，并追还重卖部分的地价归还原主。原告欢欣而去，马修德也无话可说。

枝江县教民张家炎，为地方一霸，不仅横行本县，且滋扰松滋、宜都两县。百姓纷纷告状，张也曾被缉拿，但被马修德强行领出。张家炎气焰更为嚣张。吴品珩亲至教堂，对马修德以诚相告，诫其不得干预，并通知宜昌主教杨睦多，令其约束马修德。马修德俯首听命。过了几天，马修德前来密告，说张家炎已逃至该处求庇，马拒而不纳。吴品珩急派衙役前往江岸张家炎藏身地，张不在船，仅抓获其弟家善及同行之奸妇。吴品珩估计张家炎必逃往沙市，在那里等候轮渡，于是星夜派人追捕，果然将其抓获。吴品珩当日庭审，说：“我今日审问的是百姓，并不审问教民，你不得自称教民。况且你的所作所为，已完全违背了教规，哪里还算什么教民？而且既为犯案，即属于民事案件，和教堂无关。”张家炎听了，爽然若失，不加刑讯，即一一招认。凡所占田产及强霸之妇女，各归原主。吴品珩详请总督电奏，依据光棍（地痞无赖）罪斩立决。马修德暗中派人听审，也无异词。

    总督电报至京，恰逢安徽按察使出缺，即命吴品珩补授，时为1910年七月。此职“掌一省刑名按劾之事，振扬风纪，澄清吏治”（《清朝通典·卷三十四》）。吴品珩到任，即筹设各级审判检察厅，是为行政、司法划分之始。次年闰六月，奉命改按察使为提法使。1911年，兼任法政学堂监督、陆军督练公所总参议。在衙署内设“法政研究会”，让候补法官熟习法律。安徽所辖州县，都设有拘押犯人的站笼。吴品珩认为这不合乎法律，下令永远禁止。设立模范监狱，让犯人习艺做工，俾有一技之长，且做工所得可作出狱后谋生之资本。