是年三月，抵任广西右江道，兼署按察使。七月，奉周稚圭中丞委署臬篆。是年，王懿荣生，魏源、陈介祺成进士。王懿荣，著名金石文字学家。陈介祺，字寿卿，号伯潜、簠斋，山东潍县人，书房名“簠斋”，又名“十钟山房”，道咸间著名金石学家和文物收藏家。为吴式芬挚友，二人又是儿女亲家，合著《封泥考略》十卷。著有《簠斋金文考》、《传古别录》、《十钟山印举》、《簠斋吉金录》等。

　　道光二十六年丙午（公元1846年）五十一岁

　　是年闰五月，回右江任。

　　道光二十七年丁未（公元1847年）五十二岁

　　是年二月，擢河南按察使。七月到京，上召见三次，谕以祥慎案狱，除暴安良，及河南被旱应备事宜，速行赴任。时值豫省旱灾，抵省接印视事时，奉上谕拨帑银三十万两，赈恤灾黎。是年，与许瀚、何绍基共同审定陈介祺《簠斋印集》。道光二十七年铃印本《簠斋印集》卷首有陈介祺序，末行：“日照许瀚印林、海丰吴式芬子苾、道州何绍基子贞审定。”是年，汪喜孙卒。

　　道光二十八年戊申（公元1848年）五十三岁

　　在河南。是年，以修治买鲁河未能疏通，多费库款，并办理赈务不善。五月，上命吏部侍郎福元修、司寇骆秉章庶子前往查办，旋查明入奏，凡经手各员俱降革罚赔。吴式芬亦以此重大两案，尚非专司而失察，亦难辞咎，命革职留任，八年无过方准开复。同日，复奉到兼署藩司（河南布政使）之旨。是年，孙诒让生。孙诒让，字仲容，号籀庼，浙江瑞安人。晚清著名经学家及金石学家。著有《周礼正义》、《宋政和礼器文字考》、《古籀拾遗》、《古籀余论》等。其中，《古籀余论》专主校订吴式芬《捃古录金文》之失。

　　道光二十九年己酉（公元1849年）五十四岁

　　是年，在河南。八月，奉旨补授直隶布政使。十月到京，召见二次，谕令即行赴任，即于是月抵保定。十二月调补贵州布政使。

　　道光三十年庚戌（公元1850年）五十五岁

　　是年，任贵州布政使。是年正月，上御极于徒次，具折恭请圣安。三月抵贵州任所。时楚匪李沅发扰及粤西毗连黔境要隘，于是亟筹防剿，而支度维艰。黔省藩库向无存项，吴式芬细加核稽，不得不移缓济急。虽为暂时权宜之计，而毫无滥用黎民安堵。是年，编《海丰吴氏藏汉封泥》、《陶嘉书屋秦汉印章》。

　　咸丰元年辛亥（1851年）五十六岁

　　是年五月，由贵州布政使改任陕西布政使。乔见齐中丞以黔省乏员接署，奏留三月，九月交卸起程，十二月到京，召见六次，谕令赴任。中丞翁同书有《次韵送吴子苾方伯由蜀道入觐即赴关中新任》诗四首：（一）柳条荇带尽毵毵，胜地频停过客骖。写入送行诗更好，秋风秋雨满黔南。（二）朝来孔壁发金丝，齐鲁才名盖一时。记否珂乡秋色好，蓬莱日主访秦祠。（三）栈程凤县柳毵毵，定有长条拂晓骖。此去剑南诗已备，碧幢更盼向江南。（四）驻马寻碑解色丝，与君同癖喜同时。关中金石由来富，搜集应如武氏祠。

　　咸丰二年壬子（公元1852年）五十七岁

　　是年正月，抵西安，任陕西布政使。二月以倡捐军饷，赏戴花翎。八月兼署按察使。是年冬，粤匪窜及两湖，即筹办防堵事宜。是年，刘喜海、杜受田卒。杜受田，字芝农，谥文正，山东滨州人，乾隆五十二年丁未（公元1787年）九月初三日生，咸丰二年壬子（公元1852年）七月初九日卒。道光三年进士，选庶吉士，授编修，迁洗马，督学山西，累擢左都御史，工部尚书，刑部尚书，协办大学士。

　　咸丰三年癸丑（1853年）五十八岁

　　是年，陕省“贼”焰愈炽，剿“匪”所需饷银俱预为筹备，又潼关等处各隘口添兵练勇，以及派委员弁巡察奸细，其口粮之费、薪水之资，皆斟酌付给，不使或缺。又屡次奉旨设法筹饷，以济外省军需，凡出入簿书无虑百数十万，必亲手钩稽，巨细无遗。盖陕省库款本足支销，而至此亦万分支绌矣。式芬目睹时艰，忧愤莫释，以致肝病复发，肢体无力，延医服药，时止时发。十二月“有旨来京引见”。（彭蕴章《内阁学士兼礼部侍郎衔吴公墓志铭》，《续碑传集》卷十七）与赵烈文有忘年之交。赵烈文在《国朝著述未刊目序》云：“余道咸间得以通家子从东南诸耆宿游。迨壮，四方知交若日照许君印林、海丰吴君子苾、独山莫君子偲、仁和邵君位细、龚君孝拱辈，咸富庋藏，而善钩索。当是时士夫好重风义，不以财贿视典籍。家有善本，喜示人；或披论终日不倦，无倾身障簏意。”是年，吴式芬已有《捃古录》初稿。许瀚《攀古小庐杂著》卷二十《象山树三篆字跋》云：“《捃古录》以入元末无年月中，不知何据。”此跋作于咸丰三年十一月二日，许瀚所云《捃古录》即吴式芬初稿。是年，黄爵滋、吕贤基卒。

　　咸丰四年甲寅（公元1854年）五十九岁

　　是年二月，束装北上，以久病不愈，遇道就医，行路迟滞，至闰七月始抵京都。引见后，奉旨以四品京堂候补。吴重憙《石莲闇诗》序云：“石莲幼多病，后随先人任，而粤、而豫、而燕、而黔、而秦，七年岁月，半销磨于船唇马足之间。咸丰甲寅归里。”是年九月，补授鸿胪寺卿，十月授浙江学政（《清代职官年表·学政年表》）。岁除日抵杭州。彭蕴章有《送吴子苾同年视学浙江》诗云：“分陕寻宣泳芾棠，归来秉鉴莅江乡。殿前虎拜司仪踅，湖上莺飞索句忙。海岱文人识师表，过江名士费评量。孤山万树梅花发，好与何郎共一觞。”（民国《无棣县志·艺文志》）是年，许瀚始助吴式芬编撰《捃古录》。赠许瀚《唐石壁寺铁弥勒像颂新拓本》及《周明我鼎》、《汉君宜高官镜》、《汉上方镜》、《吴乌赤镜》、《嫦娥奔月镜》等拓本。（许瀚：《攀古小庐杂著》）靠释《周刘》、《甲午簠》拓本（许瀚：《攀古小庐杂著》卷九）。是年，与达受（六舟上人）交。达受，号六舟，俗姓姚。浙江海昌人。海昌白马庙僧，主杭州西湖净慈寺。雅好金石书画，尤工鉴赏，与同时金石书画家多所往还。（来新夏：《近三百年人物年谱知见录》）陆心源受知于吴式芬当在本年。蔡冠华《清代七百名人传·陆心源》云：“陆心源，字刚父，号存斋，晚称潜园老人。浙江归安人。年三十，通九经，尤精郑许之学。受知于万青黎、吴式芬、张锡庚。先辈如徐有壬、朱绪曾皆引为忘年交。”是年，王筠卒。

　　咸丰五年乙卯（公元1855年）六十岁

　　是年正月，在杭州接印，复奉旨补授内阁学士兼礼部侍郎衔，充乡试监临官。是年值更换学政之期，浙江学政奉旨毋庸更换。十一月，因病陈请开缺，得旨俞允。时因浙省劝捐米石，嗣以捐助京仓海运粳米，加三级并赏给祖父母、父母及本身妻室正一品封典（《吴氏世德录》卷一《吴式芬列传》）。是年，夫人刘氏卒。

　　是年，将多年来收集的碑目白拓装订成册，序说颇详（许瀚《攀古小庐杂著》卷十一《王仲品等造像碑跋》）。邀许瀚赴杭州随署校文。吴重憙《石莲闇诗》卷三《谒印林师墓》：“与我先子交，不变黎任初。襄校在临安，鸡鸣风雨俱。”（袁行云：《许瀚年谱》，第274页。）九月赠许瀚《北魏沐非龙造像》拓本（许瀚《攀古小庐杂著》卷九）；许瀚借吴式芬拓本对勘旧藏《汉封龙山碑》（许瀚《攀古小庐杂著》卷十）。