元朝至元二十八年（1291年），礼部员外郎吴光斗和宣慰使杨样、奉元王朝之命，率6000大军乘船"往使琉求"（即今台湾岛）。吴光斗所率元军先抵达澎湖，在此经过一段休整后，即于1292年3月29日出汀路尾澳乘船出发，开抵台湾，不久因故撤回澎湖。撤回澎湖后，吴光斗即神秘失踪，有传说他因与杨祥有矛盾；只身逃到台湾去了。

    　明末以来，大批福建、广东沿海吴氏成员。纷纷前往澎湖、台北、高雄等地谋生创业。据《中华文化百科全书》所引《台湾省通志》记载，早期移居台湾的吴姓有53人。如福建云霄人吴登高于明万历年间（1573-1619年）移居台北类箕湖；南明永历年间（1647一1661年）大批吴氏族人随郑成功前往台湾，其中有吴天化人垦台南后壁，泉州人吴蓉入垦彰化县线西堡；清初康熙年间（1661－1722年）闽人吴英入垦云林斗六镇，吴球徙居台湾嘉义，吴举入垦嘉义民雄；雍正年间（1723-1735年）则有吴正诰与曹、赖族人合建土林镇市街；乾隆年间（1736-1795年）有吴有浩入垦竹南，吴伯淇入垦台北县深坑；嘉庆年间（1796-1820年）有漳州人吴沙父子入垦今宜兰头城，吴全由台北人垦台东；道光年间有吴立富入垦苗粟县大湖。

  　  据记载，今澎湖的吴胜家族．分别来自福建的金门、南安、安溪、海浪、晋江、漳州、泉州等地。又台北县新店安坑的吴氏家族据传其祖先本为粤人，明末迁闽，清初迁来台湾，初居高雄。后北迁至台北新店安坑。

    　据《闽台关系族谱资料选编》所引《陵海吴氏族谱（居晋江灵水宣公派）》的材料，该支吴氏宗族第14代有族人吴鉴、吴镒兄弟迁居台湾。吴鉴，字文炳，号东篱，后裔族居台湾嘉义县刘厝庄；吴镒，字稼轩、后裔居台湾嘉义县草湖庄。晋江灵水吴氏的第23代有吴昌纶，也迁居嘉义刘厝庄。又据该书所收《泉州溜江吴氏家谱》，原住泉州的这一支吴氏宗族，到乾隆时，出了一个医术高明的外科医生叫吴家镇，字大。但这位医生却生性好赌，倾家荡产后，逃往台湾谋生。又据《温陵晋邑古四吴氏叠轩公派下分支家谱》，古西吴氏家族的第16世吴珍、17世吴士象、18世吴进江，都于乾隆年间迁至台湾。

    　据《闽台关系族谱资料选编》所收《东石玉塘吴氏三产家谱》记载，福建东石玉塘吴氏"由三让发迹，支分霞语，基肇东石"。该族第17世吴声养，携子侄同往台湾创业，迁成箔仔庄。此后，这一支吴氏家族又有大批成员迁往台湾，而且在台湾还颇有业绩。第19世的吴述豫，字命程，号谨守，中台湾府学第六名；其五弟吴述钩，字命圭，号修文，是台湾彰化县庠生，于道光辛丑年（1841年）中进士第三名。

   　 明清以来，特别是近现代，吴姓成员大批的迁入，使台湾成为今日吴姓人口分布较多、较集中的地区。据1930年日占时期首次台湾地区姓氏抽样调查资料统计，在当时31003户之中，共有193个姓，其中吴姓占4%，在陈、林、张、王、黄、李之后，排在第7位。1954年，**台湾省文献委员会对台湾姓氏进行的一次不完全的统计数据表明，在台湾当时的737种姓氏之中，吴姓仍占4%弱，也排在第7位。到1970年台湾出版的《台湾地区人口之姓氏分布》介绍，在台湾的1027种姓氏中，吴姓仍是台湾十大姓之一，排名第7位。

   　 在台湾有的县市，吴姓人口所占比例还要高。据50年代出版的《台南县志稿》引台南县文献委员会的调查统计资料；50年代台南县共有320姓，其中吴姓人口占5.4%，排在第6位。

   　 台湾的吴姓宗族，初期主要集中在澎湖、台北、高雄、台南等地，今天则已广泛分布到从基隆、台北到台中及台南、高雄的整个台湾省。台湾的吴姓宗族，为了追寻远在大陆的族极，怀念祖德，联络同宗，在台湾建立有统一的宗族组织，如在台北市南京东路三段215号建有“台北市吴氏宗亲会”，又联络周、蔡等11姓建立“世界至德宗亲总会”，总部设在台北市济南路二段15号，在台湾台南市成功路的全台“吴氏大宗祠”门上，我们可以看到这样的吴姓宗族专用楹联：

    八闽孝子裔，
    三让帝王家。