玄天大帝和妈祖都属于海神，早在汉代时闽南一带的人北极星方位之神与守护航海的水神，台湾先民渡海时，以北极星作为航线指标，安然抵达台湾，自然信仰玄天大帝。

    到了明朝，据说明太祖朱元璋因玄天大帝保佑而打败元朝，因此在南京建庙奉祀。当时民间许多人信仰玄天大帝，明太祖也想借此收揽民心，鼓舞士气。

    郑成功收复台湾后，赶走荷兰人，郑成功部下咨议参军陈水华为革除荷兰人所留下的基督教信仰，响应兴建汉人寺庙，其中以玄天大帝和关圣君最多，还有保生大帝庙，观音寺庙等，就没有妈祖庙。清朝是草原骑射得天下，康熙皇帝启用施琅为水师提督，负责攻打台湾。

    当时攻台主帅吴英入籍莆田，莆田人在军营影响力很大。施琅先以莆田平海卫城作为基地(朱天贵总兵)取“讨平海逆"之意，并运用妈祖家乡的民力民心;接着亲自率领各阵营将领到湄州天妃宫致谢，捐款重建妈祖的梳妆楼朝天阁，以获取信仰妈祖的福建、广东两省沿海百姓认同。

    施琅在彭湖大败明郑刘国轩，郑克爽投降后，主帅吴英留守台湾，施琅班师回福建，上奏皇帝敕封妈祖，提到妈祖的神灵，在彭瑚攻敌时，部将们都看到妈祖仿佛在上方，又好像在左右。平海卫的百姓也说看到庙里妈祖像衣袍湿透，深信是妈祖显灵助战，而且妈祖早有预言二十一日必得澎湖七月可得台湾。康熙皇帝因而在湄州建天妃庙，妈祖再被升级，封为“护国庇民妙灵昭应仁慈天后"留守台湾吴英将台南的宁靖王府改为天妃宫(现今台南将军里东宁天后宫)，吴英捐薪奉善修天妃宫成为台湾奉祀妈祖首庙，此时妈祖逐渐取代玄天大帝，成为台湾民众信仰。

    妈祖信仰从此获得清朝鼎力扶持和吴英将军弘扬，如月中天快速发展，加上福建移民大量涌入，各地纷纷建立妈祖庙，建造妈祖庙的地方即代表清朝政权所在外没。