人类基因组测序计划进行了29年，颠覆了之前古人类学的人类多地起源模型，从现存人类追溯到非洲6万至20万年前的智人。非洲智人的一部分在4.5万至6万年前走出非洲，迁徙到世界各地。
智人出非洲时，全球还在末次冰期中。末次冰期是第四纪的更新世内发生的最近一次冰期。末次冰期约于11万年前开始，于公元前9600-9700年完结。这段期间曾出现数次的冰进及冰退。冰退称为间冰段。格陵兰的冰芯钻探表明，过去十万年的末次冰期共有24个间冰段。末次冰期的最盛期发生于约1.8万年前。一般而言，全球冷却及冰川前进的模式相似，但也有局部的分野，因而很难以大洲来比较。

在末次冰期，海平面下降，最多时海平面比现在下降120米。大陆和岛屿周边有很大面积的冰层，河流也往往结冻。有些大陆之间、与岛屿之间、岛屿之间因海平面下降连接起来或被冰层连接起来。例如：东南亚（缅甸、印度支那半岛、海南岛、马来半岛与巽他群岛的苏门答腊岛、爪哇岛、加里曼丹岛、菲律宾群岛的一些岛等）露出水面并连成一体的陆地，是巽他古陆（Sundaland）；而澳大利亚、新几内亚和塔斯马尼亚，合为一体，称为萨胡尔古陆（Sahulland）。如下图所示：

美国伊利诺伊大学的斯坦莱·安布鲁斯（Stanley Ambrose）提出多峇巨灾理论：7万至7.5万年前在印尼多峇湖发生一次大规模的火山爆发。这火山爆发强度为8级，即超大规模级数。释放的能量达到10亿吨烈性炸药量，或为1980年圣海伦火山爆发的3000倍。大量的火山灰令全球温度在之后数年间下降了3至3.5摄氏度，引起一次冰进时期，使那时的世界人口大为减少。

此后气候寒冷而干旱，而大海可以缓解下降的气温和干燥的空气，海贝等食物又容易获取，非洲智人群体在印度洋东非海岸线生存。

在4.5万至6万年前的某段时间，海平面较低，在红海的曼德海峡（今非洲吉布提与亚洲也门之间），海冰连接了东非和阿拉伯半岛。一群非洲智人（带有Y染色体单倍群CT）为了追逐食物，不经意地踏上了欧亚大陆。

这个群体继续向前沿着印度洋的海岸线迁徙，不久就就到达了印度河河谷。这个河谷以及南亚次大陆是迁徙者遇到的气温和湿度最高因而植被最茂盛的地方，如下面的末次冰期的陆地植被图所示：

因为自然环境好，他们在此停留，后代分化出CF人群和DE部分人群。CF人群的部分后代的Y染色体单倍群的突变经历了：

F——K——MNOPS——P

P的子群R1a人群形成印度-伊朗人。其中部分人向北迁徙到中亚，形成南中亚突厥人，他们是中国西北突厥人的祖先。

P人群的一部分向东北迁徙到西西伯利亚的叶尼塞河流域，形成叶尼塞-塞尔库普人，带有Q标记。

以上迁徙，可以参看世界Y-染色体单倍群地图：

叶尼塞-塞尔库普人可能是部落联盟匈奴人的领导部落。近年新疆哈密地区巴里坤-黑沟梁墓地的发掘, 被认为是汉代匈奴夏季王庭所在地, 墓地人类遗骸检测出全是Q类型: Q1a*, Q1b, Q*。 后来的研究表明，还存在几例Q-M3, 即印第安人的主要类型之一。也是在匈奴影响区域, 宁夏彭阳县出土东周时期古墓, 遗骸检测出全是Q1a1类型。墓葬中有青铜剑，春秋战国只有贵族才能佩剑。山西绛县横水村2004年发现西周墓地, 失落3000年的倗国横空出世, 不见于史籍记载, 也许在商时已经存在。其葬俗有相当大的非周人传统,古DNA证明Q1a1是当时贵族血统。

蒙古北部额金河和东北部Duurlig Nars发现2000年前的匈奴古墓，根据对古墓中的DNA检测，基因类似目前北亚蒙古人种, 还有一例是R1a1。

此外，曲阜孔子后裔有近三分之一是Q人群后裔。孔子自称是殷人。最近，研究人员对曲阜地区1118名孔姓男性进行DNA检测，发现有3种高频单倍群：C3（古通古斯人、部分古蒙古人、古哈萨克人）为46%，Q1a1为27%，O3（古汉藏人和古苗瑶人）为20。虽然O3是通常汉族单倍型，前两者有着明显的单祖先扩散结构，最可能是孔子类型，当然要假设孔子的后代仍然在曲阜地区。是这样吗？请看几个历史事件。

1. 孔末乱孔： 孔末是一个杂役，按当时仆随主姓的习俗姓孔, 在五代十国时期，眼见天下大乱，时局动荡，起了谋逆夺位的野心，大杀孔子后裔及四十二世孙孔光嗣，俨然以孔子嫡裔自居。他的后代世称「外孔」。

2. 孔仁玉中兴： 听说孔光嗣的独生子孔仁玉刚满九月，被母亲张氏抱回娘家抚养成人。在后唐明宗长兴元年，鲁人将孔末告之于官府, 孔末被杀, 孔仁玉恢复嫡裔，但他也有可能是张氏的长子。他的后代世称「内孔」。

3. 元朝灭南宋后，欲召南宗孔氏回曲阜袭封奉祀，孔洙辞让，蒙古人另册封一个北宗“衍圣公”, 于是山东曲阜的孔府就这么传下来了。
印度河谷的CF人群，除了分化出F人群，还分化出C人群，再突变为C5。C5在今南亚（巴基斯坦、印度和尼泊尔）低频分布（一般在5%以下），只有在印度北方邦江布尔县的第四等种姓首陀罗（农民，从事农业和手工业）中占28.6%。

印度河谷的C人群，部分继续沿海岸线迁徙，在本州岛和北海道折向内陆。分化出C1和C3，与D2形成阿伊努人（绳文人）。部分C3人群继续向西北内陆迁徙，部分人在黑龙江上游向西南迁徙，到达蒙古，形成蒙古人。在西伯利亚和蒙古的C3人群分化出C3c和C3d，C3c人群形成通古斯人。部分C3c人向西迁徙，到达中亚，形成哈萨克人。

继续沿海岸线迁徙的DE人群有突变D，到达巽他古陆（今东南亚）时分为三拨。第一拨向南登上孟加拉湾的安达曼群岛，在此生息至今。第二拨折向北面的伊落瓦底江河谷，沿江向东北上行进入东亚，最远到达青藏高原。分化出D1和D3，形成藏缅人。第三拨继续沿海岸线迁徙，在本州岛和北海道折向内陆，参与形成阿伊努人。

印度河谷的MNOPS人群分化出NO人群，继续沿海岸线迁徙，在巽他古陆停留，分化出N人群和O人群。

N人群继续沿海岸线迁徙，在海南岛折向内陆。东亚大陆上N低频分布（2%至10%），但是珞巴族中有35%，彝族中有30%。N人群向北方内陆迁徙，到达西南西伯利亚，有突变N1——N1c，形成南西伯利亚突厥人。部分N1人群向西迁移到中亚，有突变N1a，融入哈萨克人。

O人群分化出O1、O2和O3。

O1人群继续沿海岸线迁徙，在闽粤停留，形成壮傣人。现代壮傣人中大多是O2a，是因为南亚人大量融入。海南变为岛屿后相对封闭，黎族的O1为26%。台湾变为岛屿后，因离大陆远而封闭，壮傣人形成南岛人，都是O1。部分南岛人再渡海迁徙到东南亚的菲律宾、加里曼丹岛北部、苏拉威西岛和东非的马达加斯加岛。

O2人群分布在巽他古陆东部，分化出O2*、O2a和O2b。

O2*人群向北迁徙到东亚，在现代苗瑶人中分布最多，在瑶族中有高频分布。

O2a人群形成东巽他人（今爪哇岛和加里曼丹岛南部）和南亚人（今印度支那半岛）。曹操及其今日后裔是O2a。

O2b人群继续沿海岸线迁徙，在本州岛停留，与朝鲜半岛迁入的O3-M134（汉藏人）一起形成韩日人（弥生人）。

O3人群形成西巽他人（今苏门答腊岛和马来半岛）。部分O3人群沿着伊洛瓦底江北上，到达长江上游，分化出O3-M7和O3-M134。

O3-M7人群沿着长江东下，形成苗瑶人。

O3-M134人群继续北上，形成汉藏人。